На территории парка произрастают растения – реликты, которые сохранились со времён последнего оледенения. Реликты – это популяции, виды, сообщества, входящие в состав растительного покрова данной страны или области как пережитки флор минувших геологических эпох и находящиеся в некотором несоответствии с современными условиями существования.

В Паанаярви из реликтов, которые встречаются в «обычных» сообществах – на берегах, лесах и болотах можно увидеть: лютик гиперборейный (Ranunculus hyperboreus Rottb.), резуху альпийскую (Arabis alpina L.), иву сетчатую (Salix reticulata),  грушанку норвежскую  (Pyrola norvegica ), камнеломку жестколистную (Saxifraga aizoides), лапчатку Кранца (Potentilla crantzii (Crantz) g. Beck ex Putsch.), астрагал холодный (Astragalus frigidus)  и почти-полярный (Astragalus polaris Benth. ex Hook.), остролодочник, синюху остролепестковую (Polemonium acutiflorum Willd. ex Roemer et Schultes) , бартсию альпийскую (Bartsia alpina L.) и осоку параллельную (Carex parallela).

Растения-реликты, которые произрастают в азональных сообществах парка, связанные с вершинами гор: арктоус альпийский (Arctous alpina), луазелеурия лежачая (Loiseleuria procumbens (L.) Desv.), филлодоце голубая (Phyllodoce coerulea), сиббальдия (Sibbaldia procumbens L.), вероника кустарничковая (Veronica fruticans Jacq.) , осока скальная (Carex rupestris) , ожика колосистая (Luzula pilosa (L.) Willd.).

На обнажениях кристаллического фундамента, преимущественно отвесных доломитовых скал встречаются песчанка ложнохолодная (ArenariA pseudofrigida), ясколки голая и альпийская (Cerastium alpinum), дремовидка родственная (Gastrolychnis affinis), крупки седая (Draba cana Rydb.) и даурская (Draba daurica), лапчатки снежная  (Potentilla nivea) и Шамиссо (Potentilla chamissonis Hult) , пырей скандинавский (Elytrígia) .

К реликтам теплого атлантического периода (7270—3710 гг.до н.э.) относятся: орляк (Pterídium aquilínum), страусово перо (Matteúccia struthiópteris), воронец колосистый (Actaéa spicáta), волчье лыко (Dáphne mezéreum), земляника лесная (Fragária vésca), калина (Vibúrnum ópulus) , черемуха обыкновенная  (Prúnus pádus), тимьян обыкновенный (Thýmus vulgáris), любка двулистная  (Platanthéra bifólia), перловник поникающий (Mélica nútans), бор развесистый (Milium effusum) и мятлик дубравный (Poa nemoralis L.)