В соответствии с ФЗ «Об особо охраняемых природных территориях», в границах национального парка устанавливается дифференцированный режим особой охраны с учетом их природных, историко-культурных и иных особенностей и утверждённым функциональным зонированием территории.

Охрана природных комплексов и объектов на территории НП «Паанаярви» осуществляется отделом в области охраны окружающей среды, состоящим из штатных государственных инспекторов. Непосредственное руководство отделом возложено на заместителя директора по охране.

Функции отдела включают в себя охрану лесов (в том числе от пожаров), животного мира, рыбных ресурсов, памятников истории и культуры, а также надзор за соблюдением установленных правил посещения территории.

Охранная деятельность ведется парком как самостоятельно, так и с привлечением иных природоохранных структур, органов внутренних дел и пограничных служб.

Охрана территории осуществляется в режиме круглосуточного дежурства группами инспекторов. В пожароопасный сезон и в периоды массового посещения парка туристами, дежурные смены увеличиваются.

Из государственных инспекторов парка создано специализированное мобильное подразделение по охране — оперативная группа, оснащенная специализированной техникой: автомобилями УАЗ, моторными лодками, снегоходами, рациями и спутниковыми телефонами.

Все работники парка, находящиеся на природной территории, имеют при себе переносные радиостанции для постоянной связи с офисом.

Государственные инспектора фиксируют и ведут дела по нарушениям режима парка. Наиболее распространенным видами нарушений являются: рыбалка в запрещённых местах, нахождение на территории без разрешения и нахождение вне маршрута.

За нарушения природоохранного законодательства предусматривается привлечение к ответственности с наложением штрафа за административное правонарушение в размере от 3 до 4 тысяч рублей (по статье 8.39 КОАП РФ). В случае, когда правонарушение связано с причинением крупного ущерба нарушитель может быть привлечен к уголовной ответственности.